در خاکهای شنی، خاک های غنی از مواد آلی و خاک های شدیداً آبشویی شده، قابلیت دسترسی سیلیس برای گیاهان معمولا پایین است. سیلیس به راحتی با اکسیدهای آهن، آلومینیوم، منگنز و کانی های خاک که سیلیس را برای جذب توسط گیاه غیر ممکن می‌کند، تثبیت می‌شود. در pH حدود 9 قابلیت دسترسی سیلیس در آب، بیشترین حالت است ولی بلعکس مقدار سیلیس در محلول خاک در pH  پایین خاک به دلیل افزایش هوازدگی کانی های سیلیکاته زیاد می‌شود. فسفر و سیلیس در نشستن بر روی سایت‌های رس خاک با هم رقابت دارند. اضافه کردن سیلیکات به خاک می‌تواند غلظت فسفر را در محلول خاک را افزایش دهد. مقدار سیلیس عصاره خاک، به نوع گیاه بستگی دارد. برای مثال برنج بین ۲۳۰ تا ۴۷۰ کیلوگرم در هکتار از عنصر سیلیس استخراج می‌کند. این بدین معنی است که خارج شدن سیلیس از ذخیره خاک می‌تواند بیشتر از جایگزینی طبیعی آن از طریق هوازدگی کانی‌های خاک باشد. از این رو جایگزینی سیلیس خارج شده یک امر اساسی است؛ بویژه اگر تناوب کشت نیز  وجود نداشته باشد. بارندگی‌های سنگین می‌تواند باعث از دست رفتن شدید سیلیس از طریق آبشویی شود که یک مشکل خاص بویژه در خاک‌های مناطق گرمسیری است. کاربرد سیلیس، حاصلخیزی خاک را از طریق تأثیر مفید بر جمعیت میکرو ارگانیسم‌های خاک، افزایش خواهد داد. افزایش موجودات سودمند خاک موجب افزایش حاصلخیزی خاک و اثرات همزیستی بین گیاهان و میکرو ارگانیسم ها می‌شود.